Cuộc viếng thăm mục vụ cuối cùng của ông bị ngăn trở do cuộc đảo chính Nhật ngày 9 tháng 3 năm 1945.[2] Lúc đó ông đang ở Quảng Bình, nghe đằng xa có những tiếng nổ lớn mà không biết điều gì đang xảy ra. Các nghi thức ban sáng ở Binh Thôn vừa chấm dứt, ông đi về Tam Toà, gần Đồng Hới.[1]

Vừa đến đó, ông được cho biết tình hình nặng nề. Đêm yên tĩnh, nhưng sáng hôm sau vừa xong lễ, ông phải xuống thuyền và trốn khỏi quân Nhật đang ngăn chặn mọi người Âu và tìm bắt vị Giám mục.[2] Con thuyền chạy nhanh hết sức trong hai ngày, ông trốn tránh trong các giáo xứ, cuối cùng người ta kiếm cho ông một chiếc xe kéo để đi đến Tiểu chủng viện An Ninh. Ông đi khoảng 8 giờ tối với một linh mục, đi suốt cả đêm không bị quấy rầy và sáng ra đến được An Ninh.[1]

Hai ngày sau, một chiếc thuyền đến đón ông để đưa về Huế, nơi đó ông bị buộc phải ở trong nhà cho đến ngày đi Sài Gòn 4 tháng 8 năm 1946.[1]

Những tháng đầu không thể ra khỏi vùng bị giới hạn, nhưng ông vẫn có thể thỉnh thoảng đi đến Đại chủng viện và trong một vài dòng tu gặp gỡ các linh mục. Nhưng sau đó, do hoàn cảnh chính trị, ông không thể đi ra khỏi vùng tập trung.[2] Mặc dầu tỏ ra lạc quan và vui tính, nhưng vào tháng 6 năm 1946, ông ngã bệnh. Bác sĩ săn sóc ông rất tận tình, nhưng chỉ giúp ông khá hơn một chút. Không thể cung cấp cho ông đầy đủ thuốc men cần thiết, bác sĩ quyết định ông phải đi chữa bệnh tại Sài Gòn, để thay đổi môi trường và khí hậu, hy vọng phục hồi sức khoẻ. Ông được mọi săn sóc cần thiết tại bệnh viện Saint-Paul ở Sài Gòn, nhưng càng lúc càng yếu không còn hy vọng gì chữa lành. Ngày 26 tháng 9 lúc 8 giờ tối, ông qua đời.[1]

Tang lễ do Giám mục Gioan Cassaigne Sanh Đại diện Tông Toà Sài Gòn chủ sự diễn ra rất đơn sơ trong Nhà thờ Đức Bà.[2] Linh cữu ông được an táng trong nghĩa trang của các thừa sai gần bên mộ của vị giám mục danh tiếng Adran.[1]